1997年底，原拟再为亚视拍《僵尸道长Ⅲ》，但当时被告知已患上肝癌，使拍摄终止，并成为他的遗愿。因拍片过于劳累，且因林正英平日喜爱小酌二杯，此双重因素影响下，引致肝癌。而他一生没拍过爱情文艺片，亦成为他最遗憾的事。
他所参与的最后一部电视剧是与徐锦江、刘松仁共同拍摄的"一枝花和尚"(新水浒传)，在剧中他饰演威风凛凛的白英奇元帅。1997年11月08日，林正英在圣德勒撒医院与世长辞，终年45岁。女朋友苑琼丹当时亦陪伴在旁。林正英的大殡仪式于早上在庄严的宝福纪念馆举行。
当蔗棺醉灵的刹那，林正英的小儿子扑前抱棺哭叫，声声哭叫：“爸爸不要走呀!”。此情此景无不令人心酸。许多圈中人相继到达，包括罗家英、曾志伟、苑琼丹、孟海、午马、钱嘉乐、钱小豪等等。
他的红粉知己苑琼丹双眼红肿，一直强忍泪水，当诵经告别仪式开始之时，她也穿上黑袍为好友诵经送别，念到伤心之处，也禁不住低声饮泣。当瞻仰遗容及灵棺之后，苑琼丹随即上前向林正英的遗像鞠躬道别，并未跟随前往火葬场。
当年拍《僵尸先生》时，一班主创在荒郊野外拍了一个多月，期间虽没有怪事发生，但映后二十余年间，却有三人英年早逝!一人发疯几乎杀掉丈夫!两人深陷不容社会之丑闻!
香港拍戏历来敬鬼神，开机要切烧猪敬天地神佛保佑，拍摄期间切忌谈鬼论神，以免惹祸上身。饶是如此，不也有许多灵异之事发生，譬如1988年冯宝宝拍《灵幻小姐》时就惊爆“撞邪”事件。当年拍《僵尸先生》时，一班主创在荒郊野外拍了一个多月，期间虽没有怪事发生，但映后二十余年间，却有三人英年早逝!
