1、王恭厂大爆炸之谜，史称天启大爆炸或王恭厂灾，为1626年5月30日(明朝天启六年五月初六)，端午节次日上午9时，北京西南隅的王恭厂火药库附近区域发生的离奇爆炸事件，造成半径达750米、面积达2.25平方公里的爆炸范围及2万余人的巨大死伤。据后人估算，此次爆炸的威力约为1万至2万吨当量的黄色炸药(TNT)(相当于广岛原爆)。
对于王恭厂特大爆炸，几百年来一直众说纷纭，大体上有这几种说法，即地震说、火药自爆说、陨石说、核爆炸说、龙卷风说、外星人入侵说等等，但每一个观点都没有摆出无可辩驳的证据，使人完全信服。由于时间久远，现场早无痕迹可查，从历史资料记载来看，仅能作出大体上猜测，还不能证实这次大爆炸的起因，时至今日大爆炸之谜仍未解开。
2、“景山坐像”之谜
1987年3月在北京地区航空遥感成果展览会上，曝出一个惊人的消息：遥感拍摄的北京景山公园平面园林图，酷似一尊盘腿打坐的人像，被称为“景山坐像”。这是怎么回事呢?
遥感卫星拍摄回来的景山公园照片清晰可见公园的整体建筑群落，酷似一尊闭目盘坐着的人像。人像面带微笑，公园的寿皇殿建筑群为“坐像”的头部，大殿和宫门组成眼、鼻、口，眉毛由树组成，两边非常对称的三角形树林组成了胡须，但它被寿皇殿外墙隔开了。经过仔细辨认，这个图像的边框是由景山公园四周的内外围墙构成，近似于最美的黄金分割比例，如果真是一幅人像的话，那它将是世界上最大的用人工建筑组成的人像。
“景山坐像”引起了科技界、考古界的广泛兴趣。这幅近似人像的图形为什么会在北京中轴线上的景山公园出现呢?作为皇城宫苑园林，景山从辽代堆山，金代建园，逐步成为北京城南北轴线的中心点。这座人像究竟是古人有意建造还是一种巧合?几年来，专业人员为此作了大量的研究考证，但收获均微，至今还是一个没有解开的谜。
3、颐和园里暗含图案之谜
颐和园的布局也极其奇妙。卫星照片上的昆明湖变成了一个寿桃，万寿山展翅成了一只蝙蝠，连十七孔桥也成了一只长长的龟颈。
北京人极其熟悉的颐和园在高空中看起来竟然是一幅福山寿海的图案。这些精妙的设计到底是古人有意建造还是一种巧合?
相传修建颐和园之初，皇帝曾下令要在园林中体现福、禄、寿三个字，当时匠人巧用心思，设计了一个人工湖，将这个人工湖挖成一个寿桃的形状，在平地上看不出它的全貌，但从万寿山望下去，呈现在眼前的就是一个大寿桃。而十七孔桥连着的湖中小岛则设计成龟状，十七孔桥就是龟颈，寓意长寿。至于福字，是将万寿山佛香阁两侧的建筑设计成蝙蝠两翼的形状，整体看来成了一只蝙蝠，蝠同福，寓意多福。
4、北京古城墙缺个角
翻开明清时期北京城地图，细心的人会发现，明清时期城墙没有西北角，为什么明清时城墙没有西北角?这是长久遗留下来的不被普通百姓所熟知的一个谜。如今，古城墙已不见踪影，早已被二环路替代。
北京古城墙始创于元代，建成于明代，沿用于清代至民国，经历了7个世纪之久。据史书记载，巍巍北京古城墙在元代时是方方正正的，此所谓城方如印。到了明代，内城、外城和皇城均有缺角现象。内城没有西北角，破坏了北京城整体的对称性，从整体布局上看，似有缺憾之处。
关于北京古城墙缺个角大体上有三种说法，其一修建时人为去掉西北角，其二修建后屡建屡塌形成缺口状，其三古人故意设计为缺口状。不论哪一种说法，都有一定的道理，目前只是个猜测，还不能证实北京古城墙为何独缺西北角。
5、东华门门钉谜团
意大利摄影家马达罗的20世纪初的北京摄影作品展上，有一张1898年从正东向西拍摄的东华门照片，照片上的门钉数是横七竖九。有细心人提出，现在东华门的门钉数是横八竖九。《帝京旧影》一书中有张摄于1922年的东华门照片，门钉数也是横七竖九。而《北京老城门》一书摄于20世纪80年代的一幅东华门照片，与1898年那张照片的拍摄角度完全相同，门钉数却已经是横八竖九了。
古代中国人认为：单为阳，双为阴。九是阳数之极，故九路门钉是体现最高等级的门钉排列。紫禁城南(午门)、北(神武门)、西(西华门)三门都是横九竖九，共81颗门钉。唯独东华门是横八竖九，共72颗门钉。那么东华门门钉究竟是横七还是横八?从什么时候起横七变成了横八?那东华门门钉数目变动有什么历史背景?是故宫修缮过程中不慎弄错了还是其他原因?至今仍然是一个谜。
6、中轴线有点歪，起点指向是个谜
专家发现：一直被认为是正南正北贯穿北京城的中轴线却出现了与子午线不重合的现象，似乎有点歪。
在元、明、清三代皇城中，中轴线代表的是皇权至上和大一统思想的标志，应突出正和中的中心位，同时也是向心对称各级建筑为依据的轴线。然而，令人费解的是，这条有着730年历史的中轴线并非想像中的正南正北，而是向逆时针方向倾斜。更令人不解的是，中轴线直指270公里外的元上都遗址。
经准确测量显示：以永定门为端点的北京中轴线，从逆时针方向与子午线有一个2度多的夹角。虽然只偏离了2度多的夹角，但在永定门北6公里多的地安门已向西偏离子午线200多米，而在永定门北约8公里的鼓楼则向西偏离子午线近300米。由于偏差角度比较小，普通市民根本感觉不到。
还有让人所不解的是：北京中轴线继续往北，它的延长线直指距离北京270多公里的元上都遗址，为什么延长歪斜的中轴线，恰好经过曾经的元上都的遗址，这中间又有什么含义呢?科学家们仍在继续寻找着答案。
7、北京城里的“双龙”布局
有关专家对北京景山地区的遥感航摄照片进行了研究，发现这里的古代建筑群的整体设计形状貌似一组拟人化的建筑。
科学家利用遥感技术所拍摄的全北京城鸟瞰照片，翻阅了大量有关史料，相互印证。他们惊奇地发现，明朝人对北京城的设计建造是双龙布局形状，即一条水龙和一条陆龙衡山环水，蔚为奇观。
北京的“双龙”，水龙以南海为龙头部分，湖心岛是龙眼，中南海和北海构成龙身，什剎海是龙尾，摆向西北方向。陆龙俯卧在北京的中轴线上，天安门宛若龙吻，金水桥为龙的颔虬，东西长安街仿佛龙的两条长须，从天安门到午门一带是龙鼻骨部，太庙和社稷址如同龙眼，故宫恰似龙骨龙身，四座角楼好像是龙的四爪，伸向八个方向，景山、地安门大街和钟鼓楼构成龙尾。正阳门好似一宝珠。通览北京中轴线的古建筑，呈现出巨龙锁珠之势，极富匠心。这种神奇的双龙布局设计是中国古人的艺术造诣，还是天然的巧合，仍然是一个谜。
8、灵光寺的“三绝”之谜
灵光寺，位于北京西山八大处，是一座1200多年历史的佛家古刹。灵光寺始建于唐代大历年间，初名龙泉寺，辽代曾扩建，金代改叫觉山寺，明代成化十五年重修后，才改称为灵光寺。一千多年来，灵光寺有着千古传奇，还有让人赞叹不已的“三绝”以及它的未解之谜。
如今，灵光寺已是闻名中外，全国各地的游人都慕名前来烧香敬拜，来这儿游客的不光烧香拜佛，还想对古寺庙中的“三绝”一探究竟，那她有哪“三绝”呢?“三绝”就是：“一绝”为千年生死树;“二绝”为寺中大雄宝殿的香火从不熏人;“三绝”为大雄宝殿后面山上古木绿树繁阴，但大殿屋顶上却没有一片树叶。
多年来，灵光寺“三绝”吸引了许多国内外专家学者前来猎奇、解题，却至今仍无人能解其中之谜。
9、北京十字寺之谜
房山周口店镇的车场村曾有个十字寺。1919年的一天，有个叫哈丁的洋人来到这里。寺中的两块石刻上清晰的“十字”吸引了他的注意。
后来，这两件石刻经过鉴定，它们是珍贵的景教遗物。石刻的发现曾轰动中外学术界。景教石刻的发现，揭开了一段被历史掩埋了许久的真相——这座供奉着佛教诸神的十字寺，原来曾经是一座景教寺院。
车场村西北十字寺遗址上，有两块石碑，一块元碑、一块辽碑，它们默默地讲述着十字刻的千年沧桑。这座寺院为东晋建武元年高僧慧净创建。辽代叫崇圣院。元顺帝赐名十字寺。但从建成直至景教石刻被发现的1600年间，十字寺留下的都是佛教寺院记载，未见景教寺院的任何资料记载。
那么，景教究竟何时曾存在于十字寺?十字寺发现的景教石刻究竟隐藏着景教徒怎样的故事?一段景教存在的历史如何被光阴掩埋得如此了无痕迹?这是十字寺留给世人的待解之谜。
